¿Es posible configurar el URL que llega en las notificaciones del módulo de documentos?

Así es. Ingresando desde el módulo de documentos > menú del lado izquierdo de la pantalla "Configuración" > en la parte superior encontrarás otro botón de "configuración" e ingresarás a "Preferencias documentos". Desplegando los botones HTML en color azul podrás tanto editar el URL como el contenido del correo. Recuerda guardar cada cambio que realices en el disquete.